総会
総会は、組織員数により加盟団体より選出された代議員で構成し、年1回会長が招集し、全教互の基本方針等について審議する。
代表者会
代表者会は、各加盟団体の代表者1人で構成し、必要に応じて会長が招集する。全教互に関する資料並びに情報の交換を行うほか、暫定予算を議決する。
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理事会
理事会は、会長、専務理事と全国6ブロックから各2名選出された理事で構成し、必要に応じて会長が招集し、年6回程度開催している。緊急やむを得ない事項については代表者会の権限を代行することができる。
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